Papinski je Rim nastojao da te heretike, a naročito njihova središta, uništi bez mnogo teoloških rasprava Pape su dobro osjetile da je taj pokret usmjeren proti njih i njihove nove politike, koja je od druge pol. XI st. težila za prisvajanjem svj. gospodstva u feud. formama. Prvi izraziti predstavnik te politike bio je Grgur VII (1073-85), a njegovi su je nasljednici nastavili. U ostvarivanju te politike pape pokreću križarske ratove. Osim Prvoga križarskog rata (1096-99) koji je u zauzeću Jeruzalema imao barem neki uspjeh svi su daljnji svršavali ne samo neuspješno već čest upravo katastrofalno za kršć. vojske. U križarske ratove bilo je uvučeno i Bizantsko Carstvo, jer su križarske vojske prelazile pustošeći i plijeneći preko njegovog teritorija. A zauzvrat biz. car Manuel Komnen poduzeo je protuofenzivu na Zapad (1162-80), od koje je naročito trpjela Ugarska, pa onda naše zemlje. No, neprijateljstvo između kršć. Istoka i Zapada dostignulo je vrhunac kad su križari 1204. osvojili Carigrad i osnovali tu Latinsko Carstvo. Zbog tih je neuspjeha suvremenike, koji su mislili u religioznim kategorijama zahvatilo duboko razočaranje: mjesto brze i lake pobjede nad nevjernicima, koju su im obećavale pape, slijedio je poraz za porazom; mjesto sloge kršć. svijeta, došlo je do razdora medu kršć. narodima; mjesto obećana bogata plijena i obilja zemalja na Istoku na evr. su se svijet sručile nevolje, i on je i dalje ostao u neimaštini. Za tadašnje je shvaćanje to značilo da je Alah jači od kršć. boga. Time je pokoleban autoritet kršć. boga, ali je odgovornost za sve zlo pala na papu. I tu je bio pravi čas da se interpolira dualističko učenje o bogu dobra i o bogu zla. A kako je zapadni svijet, polazeći na Istok, tu mnogo vidio i naučio, on je upoznao prolazeći Srbijom, Bugarskom i Makedonijom, pa i u samom Carigradu, diteističku nauku, koja je tako jednostavno mogla razjasniti odakle zlo na ovom svijetu. Dualistička hereza na evr. Zapadu (bez Bosne) ima dinamički karakter od pol. XII st. do pol. XIII st.,a taj se vremenski raspon pokriva s neuspjelim križarskim ratovima. Pojave dualističke hereze na Zapadu spominju se 1143. u Kölnu (pod imenom siromasi Kristovi), 1144-45. u Liegeu, 1147. u franc. Dordogni, 1162. ona prelazi u Englesku, gdje nije mogla uhvatiti korijena. Učvrstila se u grofoviji Toulouse u juž. Francuskoj i u lombardijskim gradovima. Već u drugoj pol. XIII st. snaga dualističkog učenja slabi, ono degenerira, postaje predmetom teoloških raspravljanja i postepeno nestaje na Zapadu u drugoj pol. XIV st., te prestaje biti živom snagom hist. kretanja. Dualistički heretici na Zapadu neprekidno su upozoravali na Istok, na Bugarsku, a osobito na Bosnu, kao na maticu i na izvor tog učenja, a odatle su im dolazili učitelji i organizatori. U južnoslav. krajevima heretičko djelovanje jača potkraj XII st. U Srbiji je tadašnji veliki župan Stefan Nemanja brzom intervencijom spriječio daljnje širenje bogumilske hereze. U Poljicima su 1180, pod vodstvom Kačića, poznatih bogumila, kamenovali splitskog nadbiskupa Rajnerija, a ubojice je primio zahumski knez Miroslav, oženjen bogumilkom, sestrom bos. bana Kulina. Splitski sabor od 1185. nišani na te heretike, kad u svom prvom članu proklinje sve , “sekte heretika” koje “ocrnjuju nauku” rimske crkve. U to vrijeme u Zadru je boravio došljak iz Apulije Zarobabel sa svojim sinovima Matejem i Aristodijem. Obojica su bila istaknuti “patareni”, koji su širili herezu u Splitu i imali dobre veze s Bosnom. Nesumnjivo je Zadar 1202. onako stradao od križara i zbog veza s bogumilima. Zadrani su u posljednjoj borbi na zidinama istakli križeve ne da uvjere križare da su kršćani već da nisu bogumili, koji ne poštuju križeve. Koliko je bogumilska hereza zahvatila Dalmaciju i Humsku zemlju, pokazuje i slučaj Višena Šubića i Petra, zahumskog kneza, koji su bili heretici. Bogumilsko središte ostaje ipak Bosna. Bosna je ležala na granici ist. i zap. crkve, ali je ušla u interesnu sferu zap. crkve, a da to ist. nikad nije osporavala. Papama je bilo mnogo do toga da na toj graničnoj liniji učvrste svoje pozicije kako bi bila brana protiv ist. crkve. Naporedo s tim ukrštavali su se u Bosni i interesi svjetovnih vlasti, napose Bizanta i Ugarske. Bošnjani su se odupirali jednako ist. i za . kršć. crkvi, kao i Mađarima i Bizantincima, i taj je otpor došao do izražaja u bogumilskoj herezi. Papa Inocent III odmah poduzima mjere i 1200. poziva ug. kralja Emerika da postupi protiv Kulina te da njega i sve heretike protjera, a dobra im zaplijeni. Malo kasnije šalje i svog kapelana Ivana Casamarisa u Bosnu. Taj je izaslanik imao i prividan uspjeh, jer su se najistaknutiji bogumilski heretici 1203, na Bilinu polju, svečano odrekli hereze u prisutnosti Casamarisa i bana Kulina. Ali je to odreknuće pod prisegom (abjuratio) bilo samo prividno. Inocent III je 1208. pokrenuo križarsku vojsku i protiv katara u juž. Francuskoj, u oblasti Rajmunda, grofa od Toulousa. Poslije dvadesetogodišnjih borbi katare je svladao Simon de Monfort. U to se vrijeme u Bosni, pojačanjem pastve, propovijedanjem i drugim crkv. mjerama, nastojalo iskorijeniti herezu; pri tom je glavni posao povjeren prosjačkim redovima, najprije dominikancima a poslije franjevcima. U tom razdoblju papa Honorije III šalje posebnog legata, svog kapelana Akoncija, da u Dalmaciji i Bosni radi protiv heretika. Ali ni ta misija nije imala mnogo uspjeha, a Akoncije je oko 1224.u Bosni umro. Stoga je poslije rata protiv albigenza papa Grgur IX pokrenuo (1234) protiv Bosne, za vladanja bana Mateja Ninoslava, križarsku vojnu, kojoj je bio na čelu hrv. herceg Koloman, brat kralja Bele. Kaznena ekspedicija protegla se sve do 1239, ali nekoga trajnog uspjeha nije bilo. U borbi s bogumilima poginuo je i Mladen Šubić (1304). Križarski rat protiv bogumila poveo je 1363. ugar. kralj Ludovik I, muž Jelisave, kćerke bos. bana Stjepana II Kotromanića, ali je bio poražen. Žigmund je u križarskom pohodu 1408. pobijedio kod Dobora bos. vojsku, ali bogumilska hereza ni tom prilikom nije iskorijenjena; ona ostaje i dalje u bos. povijesti važan faktor i značajna polit. komponenta u obrani zemlje od tuđinskih napadaja. Vanjskopolit. prilike primoravale su bos. vladare da igraju dvoličnu ulogu prikazujući se čas katolicima, čas bogumilima. Kad se bos. kralj Stjepan Tomaš (1443-61) pred tur. opasnošću priklonio Zapadu, bogumili su bili izloženi progonima. God. 1461. kralj je u Rim poslao tri vlastelina-bogumila u okovima da ih tamo ispitaju. Njihovo ispitivanje povjereno je kardinalu Juanu Torquemadi (stricu kasnijega poznatog velikog inkvizitora Tomasa Torquemade), koji je na temelju njihova saslušanja sastavio “pedeset zabluda manihejskih u Bosni”. Protubogumilsku politiku nastavlja Stjepan Tomašević (1461-63) do same propasti Bosne. Padom Bosne u tur. ruke (1463) nestaje i bogumilske hereze u Bosni, a vjernici Bosanske crkve dobrim su dijelom prešli na islam.

Osnovna dogmatska učenja neomanihejske hereze od pol. XII st. dalje (uglavnom pod tri glavna imena: katara, patarena i bos. krstjana) bila su ova: dva su boga, jedan najveće dobro, drugi najveće zlo; prvi je stvorio nevidljivi, a drugi vidljivi svijet. Pri tom postoje dva gledišta: radikalno dualističko stajalište zastupa dragovička grupa tvrdeći da postoje od iskona dva principa, dok blaže dualističko stajalište zastupa bug. grupa tvrdeći da između principa postoji ipak veza i da je princip zla izašao iz principa dobra. Odbacuju Stari zavjet zajedno s prorocima, a isto tako i spise crkvenih otaca. Odbacuju kult Marije. Uče da je Krist samo prividno imao čovječje tijelo, pa da zapravo nije ni trpio ni umro. Samo se kod dualističkih heretika nalazi prava crkva i oni su nasljednici apostola, njihov je starješina nasljednik apostola Petra, a ne rimski papa. Crkve preziru i zovu ih sinagogama sotone. Upotrebu svetih slika smatraju idolatrijom, a ismijavaju štovatelje svetaca i njihovih moći. Osuđuju službu božju i sve crkv. sakramente, napose krštenje i brak, koji nije drugo nego preljub. Poriču uskrsnuće tijela, jer ono potječe od sotone. Poriču svaku vlast kršć. crkvi. Niječu da postoji čistilište. Zabranjuju uživanje mesa, sira i mliječnih proizvoda. Zabranjuju svaku zakletvu. Poriču svjetovnim vladarima pravo da izriču smrtne kazne. Organizacija neomanihejskih crkava i njihova hijerarhija također se međusobno u bitnosti ne razlikuju. Njihovi se sljedbenici dijele na prave krstjane (prave krstjanice) i obične vjernike, tzv. mrsne ljude, te se prvi kod katara zovu savršeni (perfecti), a drugi su obični vjerenici (credentes). Samo pravi krstjani (perfecti) poznaju sve tajne njihove nauke i samo su oni obvezani provoditi onaj strogi asketski život što ga njihova nauka propisuje. Broj savršenih, u usporedbi s brojem mrsnih ljudi razmjerno je malen. Ti savršeni čine zajedno jedan red (ordo) i upravo on je temelj njihove crkve. Hijerarhija u užem smislu, koja upravlja crkvom, u bos. se crkvi sastoji od djeda, gostiju i staraca (kojima se ne zna prava funkcija) dok u katarskoj hijerarhiji tome odgovaraju biskup, stariji sin, mlađi sin i đakon. Jedan podatak iz 1223. u pismu papinskog legata Konrada kaže da na granici Bugarske, Hrvatske i Dalmacije, a pokraj naroda Mađara stanuje herezijarh, koga albigenzi zovu svojim papom. Po tome bi izgledalo kao da su svi dualistički heretici imali zajedničkog papu, koji je imao sjedište negdje u Bosni. Ali taj podatak nije provjeren. Dualistički heretici nisu imali posebnih zgrada (crkava) u kojima bi vršili bogoslužne čine, već su se zajednički molili i uzajamno ispovijedali u svojim kućama, napose u kući kojeg viđenijeg “savršenog”.

Bogumili i njima srodne sekte odbacivali su štovanje svetačkih slika i raspela. Zbog toga likovna umjetnost na područjima koja su stajala pod utjecajem bogumilstva nalazi svoju primjenu pretežno na nadgrobnim spomenicima, stećcima. Uz dekorativne i simboličke motive i natpise, na stećcima se ponekad javljaju figuralni prikazi isključivo profanoga karaktera (likovi pokojnika, scene turnira, lova i kola). Osim na stećcima, likovne težnje bogumila odrazile su se i na inicijalima, zaglavljima i minijaturama bosanskih srednjovjekovnih rukopisa (npr. Nikoljsko, Mletačko i Kopitarevo evanđelje), medu kojima se bogatstvom dekoracije ističe Hvalov rukopis iz 1404.